Enzim papain, koji funkcioniše slično kao bromelain u ananasu, razgrađuje masnoće te je efikasan pri samenjenju telesne težine. Papain je takođe uključen u stvaranju enzima za varenje, poboljšava odnos proteina u ćelijama, jača srce i krvne žile. Pojedini meštani u krajevima gde Papaja raste nakon jela žvaću semana i lišće ove biljke jer smatraju da enzim papain na taj način ubija crevne parazite. Čak je Alfred Vogel savetovao da se žvaće kašikica semena papaje, jer je smatrao da će se na taj način organizam rešiti svih crevnih parazita i crevnih infekcija. Takođe pomaže i u boljem varenju belančevina, a poznato je da Papaja izuzetno povoljno deluje na funkcionisanje gušterače. Alfred Vogel je preporučivao konzumiranje papaje naročito dijabetičarima, jer enzim papain pomaže u preradi masti i proteina, te poboljšava varenje. Papaja je prirodan lek protiv mnogih bolesti uključujući aterosklerozu, bolesti srca i reumatoidni artritis. Takođe čuva zdravlje digestivnog trakta i jača imunološki system. Sadrži i flavonoid beta karoten za koji je dokazano da štiti od raka pluća i usne duplje dok lutein, zeaksantin i kriptosantin imaju antioksidativna svojstva i bore se protiv slobodnih radikala koji mogu dovesti do prevremenog starenja i degenerativnih bolesti. Papain ima i antiinflamatorno delovanje na želudac i na taj način sprečava oticanje i groznicu koji se mogu javiti nakon operacije. Ovaj enzim ubrzava varenje proteina čime se ublažava refluks, a pokazao se efikasnim u lečenju čireva i sindroma iritabilnog creva.